Heinz Nixdorf war ein begeisterter Sportler und Sportförderer. Als junger Mann war er Mitglied des Paderborner SC Grün-Weiß 1920 e. V. Er nahm 1947 an den Ostwestfälischen Leichtathletikmeisterschaften in Bielefeld teil und gehörte ein Jahr später zu der Mannschaft, die den Staffellauf »Rund um Paderborn« gewann.
1960 sah sich Nixdorf die Olympischen Sommerspiele in Rom an. Im Mai 1967 saß er in dem Heidelberger Stadion, in dem Kurt Bendlin einen neuen Weltrekord im Zehnkampf aufstellte. Von 1979 bis 1990 leitete Bendlin die Sport- und Ausbildungsförderung der Nixdorf Computer AG.
Als Firmenchef widmete sich Heinz Nixdorf aktiv dem Tennis, dem Skilanglauf und dem Skatspiel. 1968 entdeckte er das Segeln. Seine große Liebe war das Starboot, das zwei Besatzungsmitgliedern Platz bietet. Nixdorf fungierte stets als Steuermann, sein Fahrer Josef Pieper war der Vorschoter und musste sich gelegentlich weit über die Bordwand hängen. Die beiden nahmen an zahlreichen Regatten im In- und Ausland teil. 1974 errangen sie bei der Weltmeisterschaft in Spanien einen Tagessieg und Platz 8 der Gesamtwertung. Bei der Nordamerikanischen Meisterschaft 1980 fuhren sie zwei Tagessiege heraus und belegten in der Endabrechnung Platz 5.
1984 stiftete Heinz Nixdorf der Universität Paderborn eine Professur für Sportwissenschaft. Daraus ergab sich 1987 ein eigenes Institut.
Sein größter Beitrag zur körperlichen Ertüchtigung ist aber der Ahorn-Sportpark im Westen Paderborns. Zu ihm gehören eine riesige Halle, ein Stadion mit Tribüne und weitere Anlagen. Das Richtfest fand 1983 statt.