Heinz Nixdorf was een enthousiaste sportman en sportpromotor. Als jongeman was hij lid van de Paderborner SC Grün-Weiß 1920 e. V. Hij nam in 1947 deel aan de Oost-Westfaalse kampioenschappen atletiek in Bielefeld en een jaar later maakte hij deel uit van het team dat de estafette "Rund um Paderborn" won.
In 1960 keek Nixdorf naar de Olympische Zomerspelen in Rome. In mei 1967 zat hij in het stadion van Heidelberg waar Kurt Bendlin een nieuw wereldrecord op de tienkamp vestigde. Van 1979 tot 1990 was Bendlin hoofd sport en trainingspromotie bij Nixdorf Computer AG.
Als hoofd van het bedrijf was Heinz Nixdorf actief betrokken bij tennis, langlaufen en skaat. Hij ontdekte het zeilen in 1968. Zijn grote liefde was de Starboat, die plaats biedt aan twee bemanningsleden. Nixdorf fungeerde altijd als stuurman, zijn chauffeur Josef Pieper was de trapezewerker en moest af en toe ver buitenboord hangen. De twee namen deel aan talloze regatta's in binnen- en buitenland. In 1974 wonnen ze één dag op de Wereldkampioenschappen in Spanje en werden ze achtste in het algemeen klassement. Tijdens het Noord-Amerikaanse kampioenschap van 1980 behaalden ze twee eendaagse overwinningen en eindigden ze op de 5e plaats in het eindklassement.
In 1984 schonk Heinz Nixdorf de Universiteit van Paderborn een hoogleraarschap voor sportwetenschappen. Dit resulteerde in een apart instituut in 1987.
Zijn grootste bijdrage aan de fysieke training is echter het sportpark Ahorn in het westen van Paderborn. Het omvat een enorme hal, een stadion met tribunes en andere faciliteiten. Het feest bij het bereiken van het hoogste punt tijdens de bouw vond plaats in 1983.